Maluku Utara sebelum menjadi provinsi merupakan bagian dari Provinsi Maluku. Seiring dengan berjalannya waktu, terjadi pemekaran wilayah Provinsi Maluku menjadi 2 (dua) provinsi, yakni Provinsi Maluku dengan ibukota Ambon dan Provinsi Maluku Utara dengan ibukota Sofifi.

Dengan terbentuknya Provinsi Maluku Utara pada 4 Oktober 1999 berdasarkan UU No.46 Tahun 1999 dan UU No.6 Tahun 2003 dan atas dasar UU No. 11 Tahun 2004 tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Maluku Utara, akhirnya diresmikan berdirinya Pengadilan Tinggi Maluku Utara pada 5 Maret 2005 yang berkedudukan di Ternate. Mengingat kondisi gedung yang tidak memadai, akhirnya dibangun gedung baru Pengadilan Tinggi Maluku Utara di Sofifi. Terhitung mulai Tanggal 20 Desember 2018, Pengadilan Tinggi Maluku Utara berpindah kantor di Ibukota Provinsi Maluku Utara di Sofifi, dengan alamat Jl. Bhayangkara, Kecamatan Oba Utara, Kota Tidore Kepulauan.

Saat ini Pengadilan Tinggi Malukun Utara membawahi 6 (enam ) Pengadilan Negeri yakni Pengadian Negeri Ternate Kelas IA, Pengadilan Negeri Tobelo Kelas II, Pengadian Negeri Soasio Kelas II, Pengadilan Negeri Labuha Kelas II, Pengadilan Negeri Sanana Kelas II dan Pengadilan Negeri Bobong Kelas II.